Pythagoras, der berühmte Mathematiker und Philosoph, wurde von Polycrates, dem Tyrannen von Samos, verfolgt und versteckte sich in dieser Höhle, die später seine Heimat wurde. Es gab tatsächlich zwei Höhlen, die eine, die er als sein Zuhause und die andere als Klassenzimmer benutzte. Vorbei an den Höhlen begegnet man einer Quelle, aus der Pythagoras angeblich Trinkwasser genossen hat. Die Höhle von Pythagoras liegt nur 2 km vom Strand Kampos Marathokampos entfernt und in der Nähe der malerischen Kapellen Saint John und Panagia Sarantaskaliotissa. Der Zugang ist ziemlich schwierig, daher ist große Vorsicht geboten.
